توجد سبعة موانئ تجارية رئيسية في تونس تديرها الهيئة البحرية التجارية والموانئ التابعة لهيئة الموانئ التونسية:
ميناء بنزرت منزل بورقيبة
تقع على الساحل الجنوبي للبحر الأبيض المتوسط في قناة تربط مدينة بنزرت بالبحر. يعود تاريخه إلى العصر الفينيقي، وقد تأسس في العصر الحديث عام 1966 م. يعتبر ميناء بنزرت ميناء تجاري وصناعي لاحتوائه على مصافي النفط ومصانع تعليب الأسماك. يصدر الميناء أنواعًا مختلفة من البضائع التجارية والمنسوجات والصناعات الغذائية والجلود وقطع غيار السيارات، بالإضافة إلى النفط والأسمنت. كما تعتبر من أشهر المنتجعات السياحية في تونس، حيث تشتهر المنطقة المحيطة بمناظرها الخلابة وطبيعتها الخلابة.
يجري العمل حاليًا على تطوير ميناء بنزرت ليصبح مرسى لليخوت الفاخرة في البحر الأبيض المتوسط.
يعتبر ميناء صفاقس من أهم الموانئ التجارية في تونس
تقع على الشاطئ الشمالي لخليج قابس قبالة ساحل البحر الأبيض المتوسط جنوب شرق العاصمة تونس. تأسست في الأيام الخوالي عام 849 م وأعيد بناؤها بعد استقلال تونس عام 1956 م. ميناء صفاقس هو ثاني أكبر ميناء في تونس ومركز تجاري وصناعي مهم. وهي الميناء الرئيسي لتصدير الفوسفات في تونس. كما تقوم بتصدير الإسفنج والحبوب وزيت الزيتون والأسبارتو لقربها من المناطق الزراعية. وترتبط مع بقية البلاد بشبكة من السكك الحديدية سهلت نقل البضائع من الميناء وإليه، مما جعله من أهم الموانئ التجارية في تونس.
ميناء تونس حلق الوادي
تقع على الساحل الغربي للبحر الأبيض المتوسط في الشمال الشرقي لتونس. تم افتتاحه للتجارة الدولية عام 1987. وتبلغ المساحة الإجمالية للميناء البحري حوالي 6.5 هكتار ويحتوي على 10 أرصفة قادرة على استقبال السفن التي يصل غاطسها إلى 9 أمتار يتم من خلالها تصدير قطع غيار السيارات. والحبوب بالإضافة إلى كونها ميناء لنقل الركاب والسفن السياحية. كما أنها مخدومة جيدًا بجميع وسائل النقل العام، بما في ذلك القطارات وناقلات الركاب وغيرها.
يعتبر ميناء رادس من أهم الموانئ التجارية في تونس
تقع في العاصمة تونس وهي تابعة لميناء حلق الوادي. ميناء رادس هو الميناء الرئيسي في البلاد لحركة الحاويات، حيث يستوعب 80٪ من حجم الحاويات القادمة إلى الموانئ التونسية. كما تستقبل أكثر من 1500 سفينة وتتداول حوالي 5.9 مليون طن من البضائع كل عام.
يحتوي على 10 أرصفة بحرية، منها رصيف بترول، رصيف حبوب، رصيف للحديد والكيماويات.
ميناء قابس
ميناء تجاري وصناعي يتميز بقربه من المنطقة الصناعية ويشهد حركة مرور كبيرة. ويتكون من حوضين (حوض خارجي بعمق 12 مترًا وحوض داخلي بعمق 10 أمتار) بمساحة حوالي 80 هكتارًا معًا.
يهتم ميناء قابس بشكل رئيسي بتصدير المنتجات الكيماوية (مثل الأسمدة الفوسفاتية وحمض الفوسفاتيك) واستيراد الكبريت والأمونيا.
ميناء سوسة
ميناء صغير أنشئ عام 1928. يقع في مدينة سوسة بالقرب من مطار المنستير الدولي ويعمل على مدار الساعة. تحتوي على 7 أرصفة. تعمل على استيراد وتصدير مختلف أنواع البضائع (الحبوب، المحروقات، البضائع الصلبة والسائلة).
يعتبر ميناء جرجيس من أهم الموانئ التجارية في تونس
تقع في أقصى جنوب تونس. تأسست عام 1988. تصدر النفط الخام بشكل أساسي. بالإضافة إلى تصدير بعض المنتجات الزراعية والسمكية وملح البحر، كما نقوم باستيراد المنتجات البترولية النقية. تم تطويره في عام 2012 ليتمكن من استقبال سفن الركاب.
هناك العديد من الموانئ غير التجارية الأخرى في تونس. حيث يستخدم للصيد البحري كميناء طبرقة وميناء سيدي المشرق وميناء اللوزة وغيرها.